O Agrupamento de Escolas D. João II é constituído pela Escola Básica e Secundária Rainha D. Leonor de Lencastre, pela Escola EB1/JI de S. Marcos n.º 1, pela EB1/JI de S. Marcos n.º 2 e pela Escola EB1/JI Casal do Cotão, tendo como sede a Escola Básica e Secundária Rainha D. Leonor de Lencastre, adiante designada por EBS.
Estas escolas localizam-se na Urbanização de S. Marcos e Urbanização Casal do Cotão, Freguesia de São Marcos, Concelho de Sintra, confinando com as freguesias de Agualva, Cacém, (Concelho de Sintra), Porto Salvo e Barcarena (Concelho de Oeiras).
S. Marcos caracteriza-se pela coexistência de duas áreas distintas: a localidade de S. Marcos, a parte mais antiga e as Urbanizações de S. Marcos e Casal do Cotão, zonas residenciais em franco crescimento.
A origem de S. Marcos está patente na pequena ermida dedicada, predominantemente, a este Santo, objeto de romagem das freguesias de Cacém, Queluz e de outras povoações do Concelho. Esta localidade que, até há cerca de uma década, era eminentemente rural, com campos de trigo e pastagens, com duas vacarias que abasteciam a cooperativa de lacticínios UCAL e com pequenas unidades fabris, viu nascer a Urbanização de S. Marcos, tão somente betão e tijolo.
Esta urbanização cresce em simultâneo com um outro empreendimento, o Parque de Ciência e Tecnologia, vulgo Tagus Park (embora sediados no concelho de Oeiras), para onde foram transferidos pólos do Instituto Superior Técnico, Centros de Investigação, edifícios de escritórios, áreas de turismo e lazer e também um pólo da Universidade Católica.